たとえば、医療法人社団の会計年度が毎年4月1日から翌年3月31日の場合、医療法および定款の規定に基づき以下の手続を年度ごとに行います。

　　５月末日まで　理事会

（前年度の事業報告書、財産目録、貸借対照表、損益計算書（「事業報告書等」）の作成）

　　　　　　　　　　　事業報告書等を監事に提出

　　　　　　　　　　　資産総額の変更登記

　　６月末日まで　監事が前年度の監査報告書を作成し、社員総会または理事に提出

　　　　　　　　　　　定時社員総会（前年度の決算確定、役員の改選ほか）

　　　　　　　　　　　理事長の改選（理事の改選があるとき）

　　　　　　　　　　　事業報告書等、監査報告書を都道府県知事に届出

　　　　　　　　　　　理事長の退任・就任登記（理事長の改選があるとき）

　　３月ごろ　　　　理事会（翌年度の予算案決定）

　　　　　　　　　　　定時社員総会（翌年度の予算承認）

（１）社員総会

　社員で構成される法人の最高意思決定機関です。年度ごと定期的に開催される定時総会と必要に応じて開催される臨時総会があります。

　会議の議決事項、手続は、医療法および定款の規定によりますが、次のような重要事項は、必ず社員総会の議決を必要としています。

　　　①　定款変更

　　　②　基本財産の設定・処分（担保提供を含む）

　　　③　毎事業年度の事業計画の決定・変更

　　　④　収支予算・決算の決定

　　　⑤　剰余金・損失金の処理

　　　⑥　借入金額の最高限度の決定

　　　⑦　社員の入社・除名

　　　⑧　解散

　　　⑨　合併及び分割
 

（２）理事会

（※　平成２８年９月１日施行の医療法に基づき、必置の機関となりました。定款に理事会に関する規定のない法人については、定款変更の手続が必要となります。）

　理事によって構成される法人の意思決定機関です。法人の運営について必要な事項の決定、理事の職務の監督、理事長の選出・解職等を行います。
 

（３）各種届出

　　①　決算届

　　医療法人は、毎会計年度終了後2ヶ月以内に、事業報告書等を作成し、理事はそれを監事に提出しなければなりません。

　　監事は、事業報告書等を受けて監査報告書を作成し、会計年度終了後3ヶ月以内に社員総会または理事に提出します。

　　医療法人は、会計年度終了後3ヶ月以内に、決算届として事業報告書等および監事の監査報告書を都道府県知事に提出しなければなりません。

　　都道府県知事は、請求があった場合、医療法人の定款および過去3年間に届け出られた事業報告書等、監査報告書を閲覧に供さなければなりません。請求する者に制限はないため、誰でもこれらの書類の閲覧を請求することができます。
 

　　②　役員変更届

　　医療法人の役員（理事・監事）の任期は、2年を超えることはできませんが、再任することができます。役員の選任は、社員総会の決議をもって行います。

　　医療法人は、役員に変更があった場合（再任する場合も含む）、役員変更届を都道府県知事に提出しなければなりません。

　　③　登記届

　　　　　医療法人は、登記事項に変更があった場合、登記をしなければなりません。

　　　　　登記を行ったときは、その旨の届出を都道府県知事に提出しなければなりません。
 

　　④　定款変更届

　　同一都道府県内で事務所の所在地のみを変更したとき、定款変更届を都道府県知事に提出しなければなりません。他の都道府県に移転する場合、定款変更の認可申請が必要です。
 

（４）定款変更認可申請

　診療所等の開設・廃止、法人の名称の変更等を行う場合、定款の変更を行わなければなりません。

　医療法人が定款の変更をするには、社員総会の決議を経て、都道府県知事に対して定款変更認可申請を行い、その認可を受けなければなりません。

　変更事項により必要な書類が異なるため、担当部署への事前の相談が必要となるでしょう。
 

（５）登記

　　　医療法人の登記すべき事項は、次のとおりです。

　　　①　目的及び業務

　　　②　名称

　　　③　事務所の所在場所

　　　④　理事長の氏名・住所

　　　⑤　定款に解散事由を定めたときはその事由

　　　⑥　資産総額（正味財産の額）

資産総額の登記は、毎事業年度終了後2ヶ月以内に変更の登記をする必要があります。

その他の登記については、変更が生じた日から2週間以内に登記する必要があります。

　　※　平成19年3月31日以前に就任した理事長の登記

　　平成19年4月1日に施行された改正医療法以前では、役員の任期伸長規定が多くの医療法人の定款に設けられおり、この規定により後任者を選任しないまま任期が満了せず理事長変更の登記もしないということが認められていました。

　　現在の医療法では、役員の任期伸長規定は認められておらず、2年で退任します。また、定款の変更手続をしていない場合であっても、すべての医療法人が改正法に沿った内容の定款を定めているものとみなされています。

　　そのため、平成19年3月31日以前に就任した理事長の登記がそのままとなっている場合、当該理事長は任期満了により退任し、再任した旨の登記が懈怠していることになりますので注意が必要です。
 

（６）利益相反行為

　（※　平成２８年９月１日施行の医療法に基づき、特別代理人の制度は廃止されました）

　医療法人と理事個人（または理事の代表する法人）との間で利益の相反する取引を行う場合（医療法人が理事の不動産を賃借する場合、医療法人と理事の間で資産を売買する場合、理事の負債を医療法人が引き継ぐ場合、医療法人から理事から金銭を借り入れる場合など）、理事会において、取引について重要な事実を開示し、その承認を受けなければなりません。

　なお、取引を行う理事は、理事会の決議に参加することができません。

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